Instrumenti na letelici su pažljivo odabrani kako bi dali odgovore na sledeća pitanja:
- Kakva je struktura jezgra planete?
- Da li postoji voda (vodeni led) na polovima?
- Zašto je prosečna gustina Merkura toliko velika?
- Kakva je geološka istorija planete?
- Kakve su svojstva magnetnog polja Merkura?
Kada uđe u orbitu Messenger će imati izduženu eliptičnu putanju. Najmanje rastojanje od površine iznosiće 200 km a najudaljenije 15000 km. Planetu će obići dva puta u toku 24 časa. Predviđeno je da misija traje 12 meseci što predstavlja dva Merkurova dana.